灵枢》，虽有《九卷》、《九虚》、《九灵》和《针经》等几个传本系统，但隋唐以后都亡佚了。宋代林亿、高保衡等人校正医书时也因其残缺过甚而欲校不能。南宋史崧所献的《灵枢经》虽与王冰所引之《灵枢》及王唯一所引之《灵枢》在内容上均有所不同，但毕竟是存世的唯一版本。史崧之所以将《灵枢》改成二十四卷，也只是为了与王冰所注之《素问》卷数相同而别无深意。因为原本这两部书都是九卷，所以最终都成了二十四卷。
元代胡氏“古林书堂“刊本将《灵枢》并为十二卷，也是与其所刊《素问》十二卷本相匹配。至于明南朝·全元起篇
卷一，平人气象论第一，决死生篇第二，脏气法时论第三，宣明五气篇第四，经合论第五，调经论第六，四时刺逆从论第七，凡七篇。
卷二，移精变气论第八，玉版论要篇第九，诊要经终论第十，八正神明论第十一，真邪论第十二，标本病传论第十三，皮部论第十四，气穴论第十五，气府论第十六，骨空论第十七，缪刺论第十八，凡十一篇。
卷三，阴阳离合论第十九，十二脏相使篇第二十，六节藏象论第二十一，阳明脉解篇第二十二，五脏举痛第二十三，长刺节篇第二十四，凡六篇。
卷四，生气通天论第二十五，全匮真言论第二十六，阴阳别论第二十七，经脉别论第二十八，通评虚实论第二十九，太阴阳明表里篇第三十，逆调论第三十一，痿论第三十二，凡八篇。
卷五，五脏别论第三十三，汤液醪醴论第三十四，热论第三十五，刺热篇第三十六，评热病论第三十七，疟论第三十八，腹中论第三十九，厥论第四十，病能论第四十一，奇病论第四十二，凡十篇。
卷六，脉要精微论第四十三，玉机真藏论第四十四，刺疟篇第四十五，刺腰痛篇第四十六，刺齐论第四十七，刺禁论第四十八，刺志论第四十九，针解篇第五十，四时刺逆从论第五十一，凡八篇。
卷七，阙。
卷八，痹论第五十二，水热穴论第五十三，从容别白黑第五十四，论过失第五十五，方论得失明著第五十六，阴阳类论第五十七，四时病类论第五十八，方盛衰论第五十九，方论解第六十，凡九篇。
卷九，上古天真论第六十一，四气调神大论第六十二，阴阳应象大论第六十三，五脏生成篇第六十四，异法方宜论第六十五，咳论第六十六，风论第六十七，厥论第六十八，大奇论第六十九，脉解篇第七十，凡十篇。
以上八卷，合七十篇也。
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