管理局的保密资料，于是前去米德芝尔达调查，而奈叶则守护地球。
再过了这一段剧情之后，之后的剧情就是奈叶在地球发现了一些奇怪的蛛丝马迹，然后进行调查。
在这个时候，故事才和动画的剧情接在了一起。
奈叶一个人压制了对方一个队伍之后，敌人退走，但奈叶也打听到，对方似乎并不知道怪物的事情，他们是冲着魔法少女来的。
两件事情碰一块，奈叶也有些头痛，但幸好菲特回来了。
菲特表示，资料很难搞，自己潜入的时候查到了一点，但被发现了，所以只好退走避风头。
但是可以确定的是，那个怪物肯定是什么不得了的东西。
而在这之后，游戏就进入了探索模式。
和第一代不同，二代的探索模式，是直接出现了城市的3D鸟瞰图——在一代里面，还是二维平面图。
不过这个鸟瞰图并不能缩小，缩小的时候是一个穿越样式的过场动画，然后过渡到场景界面，整个画面比起一代来说，要强大很多了。
在二代的故事里面，奈叶和菲特打了个同居小屋……呸，是魔法工房。
在工房之中，玩家可以对奈叶的防护服进行个性化的定制。
这让玖生龙也眼前一亮。
在故事一代的时候，角色虽然都有防护服，但是防护服的定制型不是很高。
但是在二代，防护服从材质到款式，都是可以调整的。
例如一开始的时候，奈叶如果变身成为大人模式的话，身上是乳胶款式的紧身战斗服。但如果调整的话，可以将其变成别的材质，例如特种蛛丝——虽然在玖生龙也看来就是全身用的黑丝什么的。
玖生龙也就换了一种碳纳米装甲，这种装甲和乳胶一样反射着光芒，但却是一片一片的，有一种非常科技范的感觉。
除此之外，角色的衣服也能够调整。
例如，让奈叶穿上菲特的防护服什么的……
而除了这些衣服之外，游戏里面也有很多素材可以用来打造服装，并且还有很多服装是通过剧情获得的。
例如玖生龙也就听有人说过，在一个支线剧情中，可以得到战斗机人服装，然后还能穿着这套衣服潜入进行调查。
这个类似的剧情，在无限的境界线里面就有，那段剧情也是可以选择潜入调查的，甚至因为这个剧本，因此在之前的CM上，还有人专门画了本子来着。正因为这个剧情很奇妙，
…。。