翌年迁入新厂址。1941年，改称秘密番号“满洲第100部队”，又称关东军兽疫预防部。
这里最早叫关东军临时病马收容所，九一八事变不久，即于1931年11月成立，所长小野纪道。1932年8月至1933年7月，所长为安达诚太郎。1933年8月至1935年7月，所长为高桥隆笃。1935年8月至1937年7月，所长为立河才三。1937年8月至1939年7月，所长为高岛一雄，称高岛部队。1939年8月至1941年7月，立河才三再接任，称立河部队，中途改称第100部队。1941年8月至日本投降，部队长为若松侑次郎。
据说，第100部队至迟在1933年4月，其前身宽城子病马收容所时，即“着手研究细菌，准备细菌战”，而成立秘密的100部队，其目的就是“为了研究和准备细菌战”。迁入孟家屯新址后，其本部的设备是较完善的。有细菌研究室，其下分3个室：病理室、化学室、细菌研究室。病理室，负责检验细菌，室内有小动物室、解剖室、锅炉和实验用的马房。化学研究室，内有小动物室、天秤室、药物室和两个实验室。细菌实验室，内有孵卵器室、冷藏库、培养室、制剂室、小动物室（兔、老鼠、海老鼠），及动物实验室。另外有农事研究室，听说是研究害虫和昆虫毒害农作物的（高梁、苞米、白菜、土豆）。
经过搬迁、扩建，1941年秘密的第100部队成立后，根据日本大本营参谋本部及关东军司令部兽医部的指令，进一步加强了研究和实施细菌战的业务活动。
第100部队，其规模略小于第731部队。在长春孟家屯的本部营区，占地东西1里，南北2里，全员1200余人，多时达1500余人，配备足够的细菌学、生物学、化学、兽医学的专家学者，从事烈性病菌和毒药的研究和制造，用家畜、植物和活人当作“实验品”，进行各种病菌的传染实验，以研制大量杀害动植物和活人的毒菌武器。该部队的日常经费由陆军省提供，细菌武器研制费用由关东军司令部从机密费用中开支，合计一年160万日元左右。本部以下设总务部、4个研究生产部和教育部。
本部的总务部，除负责第100部队总务、后勤、医疗、卫生等工作外，还设置了一个种植实验场。
第一部，为其实战研究部门，以下又分为若干分部。通过细菌和病毒的实验，来确定鼻疽、炭疽、传染性贫血及植物病毒的效能和传染方法。同时，每年都要在安达特别实验场等地进行“实战
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