10月2日，时隔五年后，大明官军再次进入南京城，引来了全城数十万百姓的热烈欢迎。
昨夜一战，城内守军覃春礼部与何伯平部先后打开观音门和太平门，将城外的明齐联军迎入南京城。随着联军入城，清军的防御瞬间崩溃，和州总兵丘越、除州总兵于永绶仅领少数亲兵逃出南京城，禄口总兵杨守壮、副将赵大捷携全军投降。城中满洲八旗除五百余甲骑奔逃出城，余者尽数被俘、杀在城中。
夜里，无数的溃兵趁乱抢掠居民，纵火焚烧房屋，及至天明，在齐国陆战队和李本深部明军的大加约束下，先后斩杀百余名抢掠溃兵，城中内乱方始平定。
齐国军队在十余年来，不论是在南洋，还是在登来、山东，亦或在辽东，攻下大小城池不下数十个，但像南京这般数十万人口的大城，尚属首次。
进入城中后，所有的齐国军兵都被这座规模巨大的城市所震撼。不说这座城市面积，就论人口的话，南京城比齐国汉洲本土所有的人口加在一起都要多得多。在接管部分南京城防后，更是被其坚固厚实的城墙、险峻雄伟的地势而惊叹。若非有守军主动打开内外城的城门，联军即使连续攻城数月，也未必能将其攻破。
既然攻入了南京城，自然要开始对这座城市进行一番物资清理和转移。南京作为江南核心，赋税重地，城中积存的各类物资不计其数，让一众联军将领为之喜笑颜开。
仅城中府库，就缴获白银一百三十多万两，铜钱数百万枚，稻米、小麦等粮食就有百余万石（明朝一石=150斤左右），铁、铜、铅、火药、甲具刀剑长矛等武器堆满了数十座仓库。
至于附逆投靠清廷的官员和清军将领，一律遭到清算，除了民愤极大者被直接斩首示众外，其余所有人就地关押，准备押解回登来，等待永初朝廷处置，其所属家产也予以全部没收，再加上从城中八旗官兵家中起获的各类财物，计白银三百二十多万两，黄金八万两，珠宝玉器、珍贵文物字画无数。
攻克南京，联军可以说是获得了此前难以想象的巨大财富和物资，永初朝廷和代表齐国的水师舰队落了大头，但所有的参战官兵也在随后数天时间里，均将自己的随身挎包和行囊也塞得满满当当。
另外，联军在南京城中还俘获了清廷委任的内院左理机务兼都察院左都御史、五省总督大学士洪承畴。昨夜，在数名家丁的护持下，试图从南门逃出南京，但在途中遇到数十名抗清义士的阻拦，一番搏斗后，将洪承畴一行数人捆缚至明齐联军所
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