说毕，伏地恸哭。恸哭何为?无非要结人主。神宗亦为之凄然，不禁堕泪道：“先生虽行，国事尚宜留意。此后倘有建白，不妨密封言事。”居正称谢而起，进辞两宫太后，各赐赆金，慰谕有加。
居正归后，神宗复敕大学士吕调阳等，如遇大事，不得专决，应驰驿至江陵，听居正处分。既而由春入夏，又有旨征令还朝。居正以母老为辞，不便冒暑北行，请俟秋凉就道。神宗又遣指挥翟汝敬，驰驿敦促，更令中使护居正母，由水道启行。居正乃遵旨登程，所经州县，守臣多跪谒；就是抚按长吏等，亦越界送迎，身为前驱。及到京师，两宫又慰劳备至，赏赉有加。居正母至，概照前例。惟吕调阳自惭伴食，托病乞休，起初未蒙俞允，至居正还朝，再疏告归，乃准令致仕，解组归田去了。还算有些气节。
是时神宗已册后王氏，伉俪情深，不劳细说。独李太后以帝已大婚，不必抚视，仍返居慈宁宫，随召居正入内，与语道：“我不便常视皇帝，先生系国家元辅，亲受先帝付托，还希朝夕纳诲，毋负顾命！”居正唯唯而退。嗣是居正格外黾勉，所有军国要政，无不悉心筹画。内引礼部尚书马自强，及吏部侍郎申时行，参赞阁务，外任尚书方逢时，总督宣大，总兵李成梁，镇抚辽东。方逢时与王崇古齐名，崇古内用，逢时专任边事，悉协机宜。李成梁骁悍善战，屡摧塞外巨寇，积功封宁远伯，内外承平，十年无事。
居正又上肃雝殿箴，劝神宗量入为出，罢节浮费，复尽汰内外冗员，严核各省财赋。只神宗年龄搒长，渐备六宫，令司礼监冯保，选内竖三千五百人入宫，充当使令。内有孙海、客用两奄竖，便佞狡黠，得邀宠幸，嘉靖、隆庆两朝，非无秕政，而中官不闻横行，良由裁抑得宜之故。至此又复开端，渐成客、魏之弊。尝导神宗夜游别宫，小衣窄袖，走马持刀，仿佛似镖客一般。既而出幸西城，免不得饮酒陶情，逢场作戏。一夕，神宗被酒，命随侍太监，按歌新声。曲调未谐，竟惹动神宗怒意，拔出佩剑，欲斫歌竖头颅，还是孙、客两人，从旁解劝，方笑语道：“头可恕，发不可恕。”遂令他脱下头巾，将发割去，想是从曹操处学来。惟彼割己发，而此割人发，不无异点。这事被冯保闻知，便去禀诉李太后。太后大怒，自着青布袍，撤除簪珥，此是姜后脱簪珥待罪之意。令宣神宗入宫，一面传语居正，速即上疏极谏。神宗得着消息，不免惊慌，可奈母命难违，只好硬着头皮，慢慢儿的入慈宁宫。一进宫门，便闻太后大声催促。到了望见慈容，形神服饰，与寻常大不相同，不觉心胆俱战
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