复上疏谏阻，世宗概置不理。巧值嘉靖元年正月，清宁宫后殿被火，廷和等趁这机会，奏称：“宫殿被灾，恐因兴献帝后加称，未安列圣神灵，特此示儆”云云。给事中邓继曾，亦上言：“天有五行，火实主礼，人有五事，火实主言。名不正即言不顺，言不顺即礼不兴，所以有此火灾。”恐怕未必。世宗颇为感惧，乃勉徇众请，称孝宗为皇考。慈寿皇太后为圣母，兴献帝后为本生父母，暂将皇字搁起。称孝宗帝后为继父母，称兴献帝后为本生父母，两言可决，于义最协，聚讼何为乎?
过了两月，因世宗册后陈氏，特上两宫尊号，称慈寿皇太后为昭圣慈寿皇太后，武宗皇后为庄肃皇后，皇太后邵氏为寿安皇太后，兴献后为兴国太后，萱荫同春，夭桃启化，好算是两宫合德，一室太和。老天无意做人美，偏偏寿安皇太后邵氏，生起病来，医药无效，竟尔崩逝。这位邵太后本宪宗贵妃，为兴献王母，兴王就藩，母妃例不得行，仍住宫中。所以不必奉迎。及世宗入继大统，邵年已老，双目失明，喜孙为帝，摸世宗身，自顶至踵，欢笑不绝。至是得病归天，世宗仍欲祔葬茂陵，即宪宗墓。屡下廷议。礼官不敢固争。杨廷和等上疏，只托言：“祖陵久窆，不应屡兴工作，惊动神灵。”世宗不纳，决意祔葬，只别祀奉慈殿罢了。礼部尚书毛澄，以议礼未协，忧恚成疾，抗疏乞休，至五六次，未邀允准。既而疾甚，又复申请，乃准奏令归。澄匆匆就道，舟至兴济，竟致谢世。先是澄在部时，申议大礼，世宗尝遣中官谕意，澄奋然道：“老臣虽是昏耄，要不能隳弃古礼，只有归去一法，概不与闻便了。”以道事君，不合则去，毛澄有焉。惟世宗颇器重毛澄，虽再三忤旨，恩礼不衰。及闻澄病殁道中，犹加惋悼，赠为少傅，谥曰文简，这且休表。
且说世宗改元以后，除廷议大礼，纷纷争论外，甘肃、河南、山东数省，亦迭有乱警。甘肃巡抚许铭，与总兵官李隆不睦，隆唆部兵殴杀许铭，居然作乱。世宗起用陈九畴为佥都御史，巡抚甘肃，按验铭事，诛隆及叛党数人，才得平靖。河南、山东的乱事，系由青州矿盗王堂等，流劫东昌、兖州、济南，杀指挥杨浩。有旨限山东将吏，即日荡平，将吏等恐遭严谴，分道逐贼，贼不便屯聚，流入河南。嗣经提督军务右都御史俞谏，调集两畿、山东、河南各军，悉力围剿，方把流贼一律扫除。录此两事，以昭事实，否则嘉靖初年，岂竟除议礼外，无他事耶?
嘉靖二年夏季，西北大旱，秋季南畿大水，世宗未免忧惧。太监崔文，奏称修醮可以禳祸，乃召见方士邵元
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