·史料：杰斐逊落荒而逃（《杰斐逊传》(美)约瑟夫·J.埃利斯）
另一个让杰斐逊在学术界风光不再的原因是埃里克·麦特里克1970年发表了一篇论文，评论了杜马·马隆和梅里尔·彼得森刚出版的杰斐逊的传记。
麦特里克略带冒犯地提出，对杰斐逊充满崇拜、庆贺其丰功伟绩的做法是否应该缓行。
他问道：“我们是否还应该考虑到杰斐逊性格中还有些特征，无论从哪个角度看都算不上英雄行为？”
这不仅仅指他（杰斐逊）对奴隶制的公开支持。身为弗吉尼亚州州长，他在美国独立战争中未能组织民兵开展有效斗争，而是在气势汹汹的英国部队来临之前，丢弃蒙蒂塞洛骑马逃窜，这件事是否是英雄行为？
1807年的《禁运法案》（AmericanEmbargo）又是如何失败的？
杰斐逊坚持经济制裁会把美国从战争之中解救出来，全然不顾种种现象表明这种制裁的唯一作用就是摧毁美国经济。
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·史料：杰斐逊的心结（《杰斐逊传》(美)约瑟夫·J.埃利斯）
杰斐逊曾在1779年到1781年任弗吉尼亚州州长，第一件事就发生在这个两年的任期内。
此时，弗吉尼亚正处于战时紧急状态，经济、后勤、政治一片混乱，在这种情况下，即便是最精明能干的政客也只会心生畏惧。杰斐逊本人喜欢安静的书斋生活，让他承担州长的重任，显得太不是时候了。
纵使杰斐逊百般努力，弗吉尼亚的经济还是一片混乱，大陆军在本州的征兵人数不足。杰斐逊批准弗吉尼亚最精锐的部队远征底特律，但徒劳无功。
很快，英国军队在本尼迪克特·阿诺德的率领下从切萨皮克湾长驱直入，横扫弗吉尼亚，将首府里士满付之一炬。
更糟的是，康华里将军麾下一队骑兵部队突至夏洛茨维尔，差点在蒙蒂塞洛抓住杰斐逊。
整个弗吉尼亚都在议论杰斐逊最后一刻骑马逃跑的可耻行为，这很不公平地暗示着他胆小怯懦，玩忽职守，让整个州陷于英军的铁蹄之下。
弗吉尼亚州议会甚至通过决议，对他的行为展开调查。后来调查不了了之，最终的决议正式赦免了他的一切不当行为。
虽然战争的发展超出了所有人的控制，但杰斐逊作为领导人难辞其咎。失败的污点伴随了杰斐逊的一生，当他1796年和1800年两次竞选总统时，这些事总会再次发酵
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