政干部询问部队扩编迅速地原因，得知这段时间部队收编了大量的伪军土匪以及抗日小部队，所以几乎所有的部队都迅速扩编了，兵员的数量自然而然的也就上来了。
有鉴于此，在请示中央之后，马峥再一次对麾下的部队进行了大整编。
1944年6月2日，塞北兵团师一级以上的军政干部在新京召开扩大会议，讨论对部队的整编问题，经过两天的讨论，最终制定了整编方案。
此次整编塞北兵团的指挥系统增加了军一级的编制，全军的高级指挥系统由高到低分为兵团、军区、野战军三级，同时撤销东北军区，设立北满军区和南满军区。
经过此次整编，塞北兵团决定保留绥远军区、察哈尔军区、山东军区、热河军区、北满军区、南满军区，而每个军区下辖4个野战军，每个野战军下辖3个整编师和一个军团部。
两天后，塞北兵团司令部下发了关于部队整编的命令，同时也公布了新的干部任命名单。
兵团司令员自然是由他马峥担任，委员依然是由老罗担任，参谋长徐英辉、武装部长莫少言、政治部主任沈玉龙、后勤部长王惠国、军工部长冯安、教育及宣传部长邓国华、副部长陈佳颖、军情部长徐晓林，高层几乎没有任何改动。
绥远军区司令员黄思成、政治委员邢超、参谋长王涛，所部下辖第一军、第二军、第三军、第四军以及直属骑兵师、炮兵师、工兵旅、警卫旅、突击旅等，总兵力28万人。
察哈尔军区，司令员杨成武、政治委员何秀林、参谋长朱长贵，所部下辖第五军、第六军、第七军、第八军等部队，总兵力29万人。
热河军区，司令员马德胜、政治委员铁心兰、参谋长周海，所部下辖第九军、第十军、第十一军、第十二军，总兵力27万人。
北满军区司令员徐虎，政治委员薛碧成，参谋长施文虎，所部下辖第十三军、第十四军、第十五军、第十六军以及部分直属部队，总兵力27万人。
南满军区司令员刘凤池、政治委员毕力格、参谋长吴秀达，所部下辖第十七军、第十八军、第十九军、第二十军以及部分直属部队，总兵力33万人.
除此之外，塞北兵团还有直属兵团，司令员由参谋长徐英辉担任，政治委员王战，所部下辖两个军外加两个装甲师和3个炮兵旅，总兵力20万人。
另外，兵团直辖4个师以及大批技术兵种，总兵力14万人。
唯一没有变动的只有山东军区，由于山
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