该剧讲述的是三代火影时期。
有一个强盛的国家叫涡之国，由于漩涡一族拥有巨大的查克拉、庞大的生命力，以及强大的封印术和具有束缚尾兽的能力，从而被各大国家和家族为之忌惮。
此时的木叶为了压制九尾，开展了柱间细胞人体试验，企图通过觉醒木遁，重现初代火影的辉煌，却不想这个人体试验导致千手一族宗家几乎死绝，旁系族人也所剩无几。
志村团藏在某个神秘人的暗中授意下，散播谣言：漩涡一族，天生神力，以封印术和庞大的查克拉闻名天下；
其女性能把自己的体质遗传给孩子。
外族男子若娶了漩涡一族女子，就能把自己的血继限界及修炼成果直接遗传给下一代，等于拥有了建立强盛家族的基石。
这情报一出来，漩涡一族的血脉以及封印术被各大国家和忍族垂涎和觊觎。
于是在某个神秘人授意下，志村团藏暗中为众多国家与族群提供情报，并联合他们向涡之国发动侵袭。
这一场大战，导致强盛的涡之国惨遭重创，男系族人几乎全亡，剩下的漩涡一族女子无论到哪里，都会如抢手的货物一般，遭人不择手段地强抢。
为保护漩涡一族的血脉，初代火影的妻子漩涡水户，安排千手一族将漩涡一族的漩涡玖辛奈救出，后把九尾封印在她体内，查克拉耗尽身亡。
幸存下来的女性漩涡族人也因此隐姓埋名，分散在世界各地。
看到这有人忍不住出声道：“某个神秘人？莫非是猿飞日斩？”
“也只有这个可能了，要么，木叶怎么会眼睁睁的看着漩涡一族被灭而无动于衷？”千代分析道。
“还有影片上说了，为了压制尾兽木叶才开展柱间细胞人体试验。我看，这神秘人十有八九就是猿飞日斩了。”
“要知道，当初千手一族和漩涡一族可是签订了同盟关系。一荣俱荣，一损俱损。”
“千手一族被猿飞日斩和志村团藏阴死，漩涡一族肯定不会无动于衷，为了避免漩涡一族发难，兴师问罪。
于是猿飞日斩和志村团藏，干脆一不做二不休，直接暗中联合其他族群灭了漩涡一族，顺便把玖辛奈捉回来，当做九尾人柱力使用。”
“这才是最符合逻辑的。”
“嗯，此言有理。”众人深以为然的点了点头赞成道。
故事继续。
侥幸逃出生天的漩涡族人，除了被捉去木叶的玖辛奈外，其他族人
…。。