愈演愈烈的同时，在朝堂阻力空前衰弱的时刻，萧如薰开始对六部动手，首当其中的是户部，萧如薰下令将户部一分为二，分为财政部和民政部，分割职能。
财政部专管税收和财政，民政部专管户籍和民政，叶向高成为财政部尚书，而民政部尚书职位暂时空缺，交给几个侍郎代为管理，谁也不知道萧如薰属意的民政部尚书是谁。
但是这些改革牵一发而动全身是一定的，萧如薰既然提出了兵役改革，显然是要对很多部门一起动手，和兵役息息相关的就是户籍，户部肯定要被动手，叶向高一点都不疑惑。
不过叶向高原本以为自己会被分管到民政部，结果却成为了财政部尚书，这让他多少有些疑惑。
此外，萧如薰设立了新的部门参谋部，将原兵部尚书刘黄裳调职为参谋部尚书，兵部的军事职能被参谋部继承，兵部剩下的职能就和后勤部门一样了，主管军事后勤及运输，即原先的武库司部分职能，和军事指挥再也没有任何关系。
除此之外，武库司的武器研发职能也被萧如薰分割出去，单独成立军工部，军工部尚书则由徐光启出任，专门负责武器研发和革新。
工部还是一如既往负责天下工程，没有改变，还增添了革新民间用具的职能，工部尚书还是杨一魁，成为此次政治风暴中唯一没有变动的部堂级大佬。
超级肥硕部门兵部武选司和吏部文选司及考功司被一起分割出来，联合在一起成为一个新的直属皇帝的中央组织部，武将官员的任免升迁也都归这个部门管辖，吏部只剩下管理官员名单卷宗和按照组织部的任命下发官员证明的职能。
这个部门不受任何其他部门的约束，只听皇帝的命令，而这个部门的尚书人选居然是皇帝的长兄，楚王萧如兰。
这下子明眼人都看出来了，楚王根本不会成为实权尚书，这个部门的实际首脑就是皇帝萧如薰自己，底下几个侍郎什么的倒是实权，但是也全是萧如薰的心腹。
看来萧如薰为了防止中央组织部成为一个权力过大的部门以至于妨碍到了皇帝的权力，而使用了不可能掌握实权的皇族来出任傀儡尚书，实际上的权力掌握在皇帝手里。
要是猜测的没错，以后这个部门的傀儡尚书人选也都是皇族担任，但是实际上却掌握在皇帝手中。
财权人事权兵权都被皇帝一把抓，朝廷尽在掌控之中，群臣彻底成为皇帝的工具，不复有对抗皇帝的能力。
在此背景之下，中央调查司向皇帝通报了赵世卿
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