除了这些主要的中央部门之外，刘备还决定规范军权，建立起中央的军队管理指挥体系。
他将军权分为统兵之权和调兵之权，以及后勤之权，互相之间并不统属。
因为目前军队执行的是募兵制度，所以刘备大军有专门的练兵机构和练兵传统。
任何新兵进入军队，先到新兵大营待个两年再出来，学习技战术和基础文化知识，这在多年的刘备式的军队体制教育之下，被时人认为是很正常的事情。
不过原先这个存在属于一个军营的性质，不是一个正儿八经的职能部门，但是现在情况有了变化。
刘备当皇帝了，为了让这个好的政策延续下去，不断发挥作用，刘备决定扶正这个机构，决定设置新的部门练兵院，专司负责全国新兵的训练。
任何一名新兵不管从什么地方来，一并归属练兵院管理，需要在练兵院进行两年的日常训练并且通过考核，才能被认为是一名合格的新兵。
练兵院便成为了正儿八经的练兵职能部门，执掌统兵之权。
至于调兵之权，刘备也打算专门在中央设立一个新的部门，置枢密院，掌调兵之权。
他将以枢密院为行军参谋之所，吸纳有军事才能的人进入，为大军行动执行计划，发布作战命令给执行计划的军队将领，并派遣行军参谋为将领辅助，提供战术指导。
另外的军队后勤事务则交给八部之中的军部来负责，以军部为军队后勤进行系统化的管理，军队的任何物资需求都将由军部来管理，包括军费。
统兵有练兵院，调兵有枢密院，后勤有军部，三个军事职能部门就在刘备的蓝图之中建立起来，构成一套行之有效的中央指挥体系。
三个军事部门为平级，互不统属，互相协作，他们所有的直属上级，只有一个，那就是皇帝。
而在中央指挥体系之外，刘备还要明确规定军事将领的权力，在这一点上，他不会犯浑。
不管和将军们的私人关系如何，这都不能成为放权的理由，军事权力的归属对于他这个军事强人来说，至关重要。
所以刘备定下了规定，大汉第三帝国的整个军事逻辑需要进行改变。
军队日常由练兵院管理、训练，由军部根据练兵院的需求提供后勤物资，这个期间，没有枢密院什么事情，枢密院不会以任何理由参与到这些事情当中，除非皇帝下令。
军事将领作为特殊存在，因为其所担任的职务，或许会和军队有一
…。。