准备雅克萨之战时，清军在宁古塔征发了三千人，北京调去旗兵一百七十人，福建藤牌兵三百余人，索伦兵五百余人，总兵力在四千人左右，而驻守雅克萨的哥萨克士兵连同商人、猎人、农民及哥萨克部民，总数三百五十人，只有三门小炮，而后尼布楚方向派去了援兵一百人，到这个时候是四百五十人。
清军于城南进兵，施放弓箭，在城北使用红衣大炮集中火力发炮，两翼则以神威将军炮夹攻，炮火持续到“次日日落”，可是依然没能攻下雅克萨，一直到清军用火攻的方式准备焚城，才逼迫俄军出城投降。
在俄军投降之后，一共有四十名哥萨克士兵留下投效清廷，被康熙归于上三旗，而俄军守将托尔布津则带着其他人撤离，到此阶段雅克萨被清军收复。
按道理来说，当这仗打到了这个份上的时候，基本上已经宣告了胜利，可问题是清军打下雅克萨后，并没有选择驻守，而是将城内的房屋与军事要塞全部烧毁，随后就回了瑷珲，而其他的兵力则是都回到了北京，从雅克萨到瑷珲一带又恢复到了战前的无主状态。
而俄军守将托尔布津在撤回尼布楚的路上，碰上俄陆军大佐伯伊顿率领的哥萨克大军，在知道雅克萨彻底失陷后，只得一同返回了尼布楚。而后尼布楚督军弗拉索夫派人前往雅克萨侦探，得到情报说清军在焚烧雅克萨之后，沿黑龙江河匆匆而下，十分高兴，于是又重新派了托尔布津占领了雅克萨。
也就是说到了目前为止，清军前番的努力全部白费，也是导致雅克萨之战持续了整整三年的重要原因。
等到清廷得知消息后，第二次率军围攻雅克萨的时候，雅克萨已经被俄军重新加固了，拥有近七百人的兵力，五尊铜炮、三尊铁炮以及九百五十支火枪，而且城墙还得到加高增厚，四面修筑了突出的堡垒，墙外掘出壕沟，还修筑了粮仓、火药库、军需库和近十所居民房。
因此在经历重新加固后的雅克萨，清军再想攻克就没那么容易了。清军将领萨布素率领所部两千余人，加上建义侯林兴珠率领的四百福建藤牌兵，再加上郎坦、班达尔善、马喇等将领辅佐，开始第二次围攻雅克萨。
当清军将雅克萨包围起来后，萨布素便开始率领军队攻城，然而这一次遭受了城内炮火的猛烈还击，清军死伤惨重，无力继续攻城，而俄军亦不能更进一步，双方相抗，你进我退，战争呈拉锯胶着状态。
在清军攻城期间，俄军伤亡也十分惨重，守将托尔布津在塔楼视察时，一发炮弹击中腿部，因此右腿
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