大安阁佛道大辩论后，道家（全真教）第二次在辩论中落败。按照事先约定，全真教高层辩论失败，全部削发为僧出家龙光寺，驱除伪经45部，庙宇237座交给佛教管理；道教从此萎靡不振。
元朝国教喇嘛教和佛教借大辩论之机兼并道观扩建寺庙，终元一朝风光无限，彻底压制道教。喇嘛教见佛教借佛道辩论之争势力大增，为防止其尾大不掉，影响喇嘛教的地位，又开始遏制佛教的发展。
自汉确立罢黜百家，独尊儒术为理政治国思想以来，——特别是到了宋朝，儒家学说在国家和社会中占据了稳固的地位；儒家学说成为治国理政，社会道德的尊崇。元朝统治中国后，儒家地位一降再降，和道家、佛家一样沦为宗派学说，彻底退出了作为社会和国家统治的理论基础。
元朝末年元顺帝在位，上层党争加剧，内耗不断，政治日益衰败；下级官员盘剥百姓，日夜享乐；军队军纪废弛，为争夺势力范围，内斗不止。
当时是，中国进入灾害多发时期，天灾不断，社会矛盾日益加剧，民不聊生；官员、地主、寺庙不断兼并土地；百姓流离失所，无地可种，无粮可食。
此时，元顺帝当政，黄河决口引发河患，导致盐税、漕运锐减，从而引发严重的财政危机。为解决财政危机，元顺帝改革财政，发行变钞，收敛社会资财；同时，河患导致社会动荡不安，灾民流离失所，又瘟疫横行，社会矛盾就像一个火药桶。
为了缓和社会矛盾，朝廷派都清运使贾鲁任工部尚书兼任总治河防使治理黄河河患。但治河官员继续盘剥压榨，大量聚集的治河民夫成为引爆元末大起义的导火索。1351年韩山童等借石人独眼发动起义，正式吹响了元朝灭亡的号角！