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远古时代，三位拥有不可思议的力量和制造奇迹的能力的女神，为了突破成为更高层次的存在，联手创造了一个多元宇宙并往其中投影分身，采取不同的方式进行探索。
拥有浩瀚的知识的【创世女神-鷲羽】，把分身的力量和记忆封印到三颗宝玉之中，作为一名普通人从零开始学习知识和技术，品尝人间的爱恨情仇，寻求自身的成长。目前该分身成为“宇宙第一天才科学家”，但因被弟子背刺而处于封印状态。
拥有物能变换能力的【创世女神-津名魅】，以自己为蓝本创造生命，创建宇宙文明“树雷文明”，寄希望于世代交替中诞生出奇迹。目前该分身的肉体化身为“始祖之船”，意识与当代第二皇女砂沙美同化。
拥有庞大的能量的【创世女神-访希深】，给宇宙带来混乱和扭曲，再摆出开放的态度，吸引其他次元的客人前来。目前该分身盯上了时空管理局的调查员，试图顺藤摸瓜找到时空管理局总部的所在次元。
顺带一提，若是创世三女神动用本体的力量，对她们所创造的多元宇宙具有绝对管理权，知晓全部知识、毁灭与重建、操控因果、改写宇宙法则、操作时间线均在一念之间。但如果前往其他次元世界，她们只是三个随便碰一拳就能让星系毁灭的超级强者，神棍能力不复存在。
创世三女神本体所在地不会再诞生新生命，将视点放入她们所创造的多元宇宙中，创世女神的投影分身、靠实力打破次元壁的破界者、负责运营管理的神明、借助外力跨次元移动的穿越者、遍布宇宙的凡人种族联手上演一个个奇幻故事。
——这一世，莱尔作为R国某神社住持的第三名孙子而诞生。
“母亲，你这是打算死了吗？”刚到上幼儿园的年龄的莱尔，向母亲提出一个堪称天崩地裂级别的问题。
错愕过后，母亲没有动怒，只是以惊奇的眼神打量着自己的小儿子：“为什么你会这么认为呢？”
“因为母亲在故意压抑体内的能量。”莱尔歪着小脑袋道，“我们不是地球人，最起码不完全是，应该能很长寿的，对吧？”
母亲面上的惊容更盛，不答反问道：“莱尔，你能感知到我们体内的能量？”
“嗯~爷爷的力量最多，父亲的力量只有一丁点，哥哥的力量未觉醒但潜力巨大。”正是由于连最弱的父亲都没有死亡的迹象，莱尔才确信母亲是故意寻死。
“那你呢？”母亲顺着话题套话。
“秘密。”莱尔
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