此时大理寺开始侦查此案，由大理寺卿陈尧咨亲自主抓。他们先派人找到了几位河工和埽兵了解情况。其中就有事先察觉洪峰的老河工徐柳年，还有李嵩、李清两人，他们亲身见证了此次抢险、护堤、抗洪灾的全部过程，他们描述了柳知礼身先士卒、不顾安危、亲临一线主持抗洪救灾的现场情景，也指出了都水监少监和各巡河使都不在现场、临阵脱逃的情况。他们尤其提到了一个重点情况，是他们今年编造的埽体都是用料不足、偷工减料、基本起不到护堤的作用。李嵩又说道：“启禀大人，当时柳大人搜集了这些罪证，并让我们签字画押确认了，差不多每个河工、埽兵都签了，简直是万民书。”
亓护卫也被叫到大理寺接受询问，主要问了柳知礼出事前一些行踪。亓护卫说道：“启禀大人，我家大人，在大堤上待了近二十天，也不会家休息，尤其是洪灾来临的那几日，基本没怎么合过眼，累了就临时找个草堆合衣而睡。我跟我家大人有五年了，绝不相信我家大人是贪官污吏。”陈尧咨问道：“亓护卫，柳大人，临死之时可有异常啊？！”亓护卫说道：“卑职，没有护送我家大人回去，我家大人发现了贪腐案后，一直搜集证据，最后抓到了物料仓库的大管（库头），一个叫谭大年，一个就袁子敬，他们都认罪，并供认不讳，还把藏得真实账本交了出来。我家大人为了防止此二人被灭口，就让我把他俩安排在一个隐蔽之所。我大人临死前是由其他护卫护送回衙门的。”陈尧咨听后眼睛一亮，觉得案情快要揭晓了，他让人做了笔录，让亓护卫签字画押。他又派人召来了现在护卫柳知礼家眷的其他三人，前来问话，了解案情。
桂成德和刘正源这些日子如坐针毡、度日如年，整日担惊受怕，如惊弓之鸟，就怕大理寺的官差上门。但还是心存侥幸和幻想，一心找到账本，销毁罪证。这不经过十几天的追查，终于有了柳知礼家眷的下落，找到了他们的安身之地。他俩人拿出重金招聘了几个身手了得的匪徒、逃犯，准备劫持柳家的孤儿寡母，迫使他们交出账本，但是由于他们一直呆在家中，闭门不出，所以一直没有下手的机会。因此只能密切监视他们这家人的一举一动，等待时机。这天柳云娘和付小婉到雁丘玩耍，实际上已经被这些匪徒盯上，桂成德这两人听到消息顿时喜出望外。就派人寻找机会劫持柳云娘，但是亓护卫的出现，又让他们铩羽而归。
柳云娘此时已经恢复理智，她觉得现在最重要的就是将证据，拿回来交给大理寺，给爹爹伸冤报仇，就那些杀害爹爹的贪官污吏绳之以法。
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