郑鸿魁所部水师，由于要进入长江作战，故船只相对要小，战船基本上是二号福船为主。
二号福船体形底尖上阔，船首昂起张开，尾部高耸，吃水约一丈有余, 舰首备红夷炮一门、千斤佛郎机六门、碗口铳三门，迅雷炮约二十门，还有喷筒六十个，噜密铳十支，弩箭五百支，火药机弩约十余张, 火箭三百余支, 火砖一百余块, 及其他刀枪剑戟千余。
二号福船，郑鸿魁手中约有百艘，其余海沧船、草撇船以及苍山船等小型战舰以及连环船差不多有一百五十艘，运兵沙船五十七艘。
这样的舰队规模，在长江上已经算是无敌的存在了，郑鸿魁在收到靖北军主力渡江的消息后，知道自己再呆在南都已经没有任何意义了，这个时候最佳的选择就是撤离八卦洲，顺江东下返回福建，要不然补给一断，那岂不是要饿着肚子退回去。
七月五日，八卦洲郑军水师拔锚启航，在次日汇合了司业洲留守施琅后，旋即向崇明岛，长江入海口方向撤离，郑鸿魁的算盘打的很精，他就是想依靠已方水师的速度优势, 趁靖北军陆师尚未攻取苏松的时机，在崇明岛获的相当的粮秣和淡水补充。
七月十三日, 郑军水师在经过江阴和苏州河后终于抵达位于长江入海口处的崇明岛。
熟料，崇明知县徐鼎以及因靖北军南下，逃奔崇明的淮河镇总兵张士仪、淮海镇总兵张鹏翼以及崇明副将施鸿仕等此前对郑鸿魁极尽奉承的南明官吏，居然对上岛索取粮秣的郑军闭门不纳，而且扣押了郑军使者。
“徐鼎这是想死吗？施琅、杨秋你二人速点陆师上岛，将徐鼎等人的人头给本将取来。”
郑鸿魁闻报大怒，郑家纵横东南沿海十余年，各地督抚哪个不卖郑家几分面子，现在一个小小的知县居然敢抗拒已方大军，当真是活腻味了。
“郑帅，崇明县城虽然不甚坚固，然张士仪等人手中犹有兵马三千余，为防有变，咱们还是要拆卸部分红夷大炮，要不然恐怕一时半会拿不下县城。”
施琅字尊侯，号琢公，福建省泉州府晋江县人，早年一直跟随郑芝龙行商，精通水战，在南洋不光和葡萄牙人和荷兰人交过手，而且和明朝福建水师也打过好些仗，在他看来，崇明县城虽然是土城，但郑军不善于陆战，若是没有火炮配合，根本没可能拿下崇明城。
郑鸿魁点头道：“施将军说的有理，这样，尔从船上拆卸二十门重炮，今日务必攻破崇明，本将要让徐鼎那老小子知道，我郑
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