部尚书李清臣为门下侍郎，翰林学士蒋之奇为同知枢密院事；十一月十六日，观文殿学士安焘为知枢密院事；十一月二十九日，礼部尚书范纯礼为尚书右丞。
四月二十一日，苏纯仁、刘奉世、王卖见、韩川、吕希纯、吴安诗、唐义问、王钦臣、杨畏、吕陶、张来、刘当时、吕希哲、吕希绩、贾易、刘唐老、黄隐、晁补之、黄庭坚、苏轼、苏辙、刘安世、秦观、程颐、郑侠等25人恢复职位，或调回内地。
韩忠彦、翰林学士曾肇（曾布之弟，因避嫌出任陈州知州）、张庭坚进言说：“以元祐生者已被恩，而死者殊未甄复，不有追复，孰慰幽魂？”于是，五月二十二日，下令给予已故的元祐党人文彦博、王王玉、吕大防、刘挚、韩维、梁焘、司马光、吕公著、孙固、傅尧俞、赵瞻、郑雍、王岩叟、范祖禹、赵彦若、钱勰、雇页临、赵君锡、李之纯、吕大忠、鲜于亻先、、孔武仲、姚面力、盛陶、赵、孙觉、杜纯、孔文仲、朱光庭、李周、张茂则、高士英、孙升等33人，给予追认恢复官职。五月二十五日，又下令归还司马光等致仕遗表恩泽。
元祐党人的重要人物苏纯仁与王安石变法的得力助手陆佃等人提出实行“清除朋党，结束党争”的策略，在元祐党人的势力逐渐得到扩大的情况下，便借机“迫不及待，里应外合”地贬窜章惇、蔡京、蔡卞等一批革新派人物，并想再次变更已在绍圣年间（1094——1097）至元符二年（1099）恢复施行的熙宁、元丰新法。
四月二十七日，宋徽宗下令撤销编类臣僚章疏局。第二天，吏部侍郎徐铎把已经编辑成书的臣僚章疏全部上交。辛酉，韩忠彦进言：“章惇当了宰相后，专门设立了机构，将臣僚所上奏疏分类编排，挑出语言相像的，指控他们为诽谤，先前应诏上章疏的人大多数都受处罚。”韩忠彦希望立即下诏撤除编类局，把所有编集的文书，都收到宫里去。中书舍人曾肇也说：“自绍圣二年冬设立编类局至今，已经有五年。”“编写一千九百册”“现在编录章疏既没有祖宗先例可循”，而且还限定编录的章疏是“元丰八年五月以后至元祐九年四月十一日结束。”曾肇请求把中书省和枢密院的登录人员等全部撤免。宋徽宗赞同采纳了他们的意见。
当时，守旧派台谏官丰稷、陈师锡、陈瓘屡次弹劾章惇。陈瓘说章惇“独宰政柄，首尾八年，迷国误朝，罪不可掩，天下怨怒，业归一身。”有的说章惇“担任山陵使职不称职，致使哲宗的灵车陷在泥中不能行走，露宿于野外。”又指责章惇在确定皇位继承
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