守阁的三楼就被火炮轰塌。无心再战的荒木氏纲、芦田国住率领大量人心惶惶的辅兵向雨秋平投降，而韧井教业则趁乱率军从稻井城东门突围，向着丹波国的山区逃去。
攻克稻井城后，雨秋平立刻让所部开始在附近的山区里追击和搜索溃兵。吉冈定胜躲在山谷里试图重整部队，被新显成亮发现后直接击溃，吉冈定胜孤身弃军潜逃，不知所踪。而赤井直正则在逃亡中不慎甩下马来，被随后赶到的常磐备骑兵俘获。韧井教业的运气要比赤井直正好上不少，虽然所部被追击而来的毛利贵志击溃，但是韧井教业却趁乱逃走。毛利贵志手上没有骑兵，没能追上他。
3月7日傍晚，稻井合战宣告结束。总人数16000人的山阴联军全军在明智光秀所部没能到场的情况下被雨秋平的红叶军击溃。八木丰信阵亡，一色义道、赤井直正、荒木氏纲、芦田国住被俘。山阴联军16000人中，跟着山名佑丰逃向园部城的只剩下3000人不到，粮草辎重也尽数失去。大量安置在稻井城的辅兵都被红叶军俘获，人数上万，以至于明智光秀不得不紧急从后方调配粮草来安置如此之多的俘虏。