攻石山，招致了大败的结果。
而联军久违的胜利，也鼓舞了第二次织田包围网的士气，不少原本已经臣服织田家的人心思也活络起来。而根据忍者的情报说，东国的武田家似乎想趁着织田家这次大伤元气的机会，再次率军上洛，进攻德川家。织田信长不得不率领主力返回美浓，随时提防武田军的动向。
在这样的状况下，心高气傲的织田信长也不得不认怂，停止了对石山御坊这座硬骨头的进攻，而是授意佐久间信盛继续压制本愿寺即可。不过，位于近畿西端的石山御坊战略位置重要，还有极为重要的政治意义和宗教意味，终归是织田家的心腹大患，非打不可。织田信长为了给再次进攻石山御坊铺路，决定先把本愿寺家这次的帮手一一铲除掉。
于是，雨秋平被授意进攻河内和泉南边的纪伊，铲除杂贺众和根来众等信奉一向宗的纪伊国人众。同时，他还被要求加紧建造水军，和三好-毛利水军一较高下。而明智光秀，则被要求攻略丹波和丹后，铲除织田家在进攻石山御坊时侧翼的威胁。羽柴秀吉和荒木村重被命令去攻略播磨，拿下三好家在本州岛上最后的根据地，把他们彻底赶回四国去。