午时二刻，织田信长在下令佐久间信盛率领所部留守寺庙群后，亲自率领主力抵达了京都南边。而联军北路军在整顿了一个时辰后，终于勉强恢复了大部分的建制，拥有了一战的能力。他们从南边和东边两个方向，包围了京都。除掉一个上午战斗的伤亡减员外，围攻京都的联军总人数达到了11000战兵。而京都内坚守的三好家在苦战一上午后，同样损失不小，只剩下了将将4000余战兵。
由于京都本身就不适合防守，无论是天皇和宫卿们居住的京都御所，还是退位天皇居住的仙洞御所，都仅仅是拥有简单的墙垣罢了。虽然天皇已经被夺取权柄数百年，但是他在日本人心中的地位却始终神圣而不可侵犯。即使是最为彪悍的武士，也不敢对天皇太过无礼。因此，近年来每次京都附近遭遇战火，大家都会努力避开天皇的居所。
不过这一次，三好家似乎决定抵抗到底了。三好义贤以兵凶战危为由，派人把天皇和宫卿们从京都御所、仙洞御所等地请了出来，送到西边两里外的晴明神社避难。而自己则率军进驻了京都御所，让岩成友通和三好长逸进驻仙洞御所，准备死守京都。
三好义贤摆出这样坚决的姿态，让织田信长也有些赶到迷糊了。如果三好家主力和辅兵早就撤退，他们没必要如此拼命啊？还是说，三好长庆给他们的命令就是竭尽全力拖住织田军，为主力回师平定摄津的叛乱争取时间。
不过，织田信长和三好义贤一样，同样是个天不怕地不怕的主。三好义贤既然敢犯天下之大不韪惊动天皇，占据皇宫驻守，那他就敢直接进攻皇宫！
在收到了织田信长进攻京都御所和仙洞御所的命令后，联军上下一片哗然。因为联军并不清楚，三好义贤已经将天皇和宫卿送出京都之外，还以为三好义贤是挟持了天皇和宫卿，在皇宫里据守。兵凶战危，万一在战乱中伤害了天皇，这重担谁也担不起。不仅自己要切腹谢罪，家族也难逃灭顶之灾。
一向正义感爆棚的浅井长政接到命令后第一个勃然大怒，他当时正坐在石墩上休息，听到命令后几乎跳了起来，一刀把石墩给劈成了两半，同时对着织田信长的使者怒吼道：“织田殿下在想什么？我们武士就是为了守护天皇而存在，岂能做出这种大逆不道的事情来！这样的命令，在下拒绝接受！”
而织田家的诸位老臣，包括柴田胜家、丹羽长秀等人也反对织田信长如此夸张的命令，苦劝织田信长三思。明智光秀更是提议织田信长从本阵里请出和三好家与天皇都有旧的足利义辉进行
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