因为抚恤一事，几乎各镇兵马都有将领被查，朱慈烺趁机名正言顺的从应龙军当中抽调了一部分人安插各镇，同时，朱慈烺还打算做一次全国性的军制革新，已期真正彻底掌控全国兵马。
此次参与徐州血战后能回来的兵马一共，连应龙军士兵在内，一共六万多人，除了几千郑家的泉州军外，朱慈烺将另外六万人全部收编并入应龙军当中，这些人都是血战余生的精锐，并入应龙军没有辱没他们，也没有辱没应龙军，自此，应龙军每个军都恢复到了一万人。
由于国库空虚，应龙军六个军都暂编一万人。
原先，大明军队以卫所为主要制度，全国要地设立卫所，军丁世代相继，给养仰赖屯田，将兵闲时为农，战时为兵，这样很不好，虽然每年都能节省不少军费开支，但也导致大明军队除了洪武和永乐两代还颇有战斗力外，其后战斗力一代比一代弱，武备废弛。
朱慈烺一直就对大明现有的军制非常不满，要不是前一年他刚登基，不仅要稳定朝纲，还要平定内乱和抵御满清等外敌，环境不允许，害怕改革产生的动荡会被敌军所趁，所以他才不得不一直忍着。
如今满清元气大伤，李自成形同丧家之犬，张献忠被秦良玉死死的拖在四川，数年内大明都无内忧外患，这样难得的良机，朱慈烺当即就下了心思，是时候进行军制改革了。
随即，除了四川以及河南这两个特殊的地方暂时保持原状外，朱慈烺打算下旨全面取消卫所制度，改为募兵制，并设立常备军，将常备军和维护治安的各地守军分开。
常备军仍然命名为常备军，维护各地治安的守军则叫做守备军，形同预备役。
常备军贵在精而不再多，以应龙军为例，朱慈烺下旨设立十二个常备军。火器精贵，所以除了第一到第六军为全火器配置的最精锐应龙军，第七军到第十二军为仍然用冷兵器的普通明军。
每个军满编为两万人，十二个常备军若是全部满编的话，为二十四人，守备军按照各县府所需的安保配置，一共为十八个军，约三十六万人，届时，全国兵马将达到六十万。
不过因为徐州之战各地都被抽调了不少兵马，血战余生的又都被留在了六个应龙军内。改编之后，常备军和守备军都不会满员，大约每个军暂编一万人，加在一起也就近三十万人的样子，待来年国库充裕之后，各军才会慢慢满配。
朱慈烺只在私下召见了李岩和钱不缺一次后，次日，由钱不缺把朱慈烺想法在朝堂上提出来。
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