关之后，将交于四川总督马士英指挥, 进入四川彻底剿灭张献忠。
史可法提出了建议，等候在湖广郧阳的邓世秋，麾下有五万军士，马士英若是率领十万大军近川，总兵力达到了十五万人，剿灭张献忠不需要如此之多的兵力，再说了，多尔衮若是真的领兵进攻山东德州，黄得功与胡华山率领的兵力进逼京城，看上去有些单薄，还是应该留下一部分兵力驻守河南，这样陕西与河南两地都能够迅速稳定下来。
朱慈烺略微考虑之后，同意了史可法的提议，改由马士英率领参加了马栏山之战的五万精锐军士进入四川，与邓世秋率领的五万大军合兵一处，剿灭张献忠, 稳定四川的局势。
征伐八旗军的明军还剩下五万人，按照史可法的提议，其中两万人留在河南，归于河南总兵孙明凯指挥，两万人暂时留在西安府城，准备进驻北直隶和京城，其余一万余人跟随皇上前往南京。
作战缴获的粮食全部留下，陕西与河南两省各自分配两万石，缴获的黄金白银，陕西与河南两省各自留下五百万两，其余全部押解到南京去，扣除需要抚恤和赏赐的部分，还可以省下一千五百万两白银，户部的日子能够好过很多了。
因为兵力的调动，马士英率领等候的五万军士之中的三万人经过潼关，抵达西安府城，其余两万军士原地等候，将要跟随河南总兵孙明凯前往开封和洛阳等地驻守。
西安府城没有遭遇过多的破坏，这让朱慈烺略微的松了一口气。
走上城墙的时候，朱慈烺看着身边的马士英开口了。
“马大人，明日你就要率领大军进军四川了，朕调拨给你的五万军士，全部参加了马栏山之战，他们彻底剿灭了八旗军之中的正白旗与镶白旗，经历了惨烈的厮杀，强悍的战斗力得到了上下的认可，加上邓世秋率领的五万军士，一共十万人，朕相信你能够以最快的速度，彻底剿灭张献忠，稳定四川的局势。”
“张献忠号称百万大军，其实也就是三十万人左右，其中真正有战斗力的军士不多，杨展率领的地方军队，都能够打的张献忠苦不堪言，可见其力量也就那么回事，张献忠的四个养子孙可望、刘文秀、李定国、艾能奇，听闻战斗力不错，特别是刘文秀和李定国，若是能够招抚，尽量招致麾下，让他们为朝廷效力。”
“四川地方的士绅富户，因为张献忠的入侵，抱成团反抗，也为朝廷出了一些力，稳定四川局势的时候，切不可粗暴，要区别对待，对于那些冥顽不化、鱼肉百姓、不服从朝廷调
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