跟声势渐盛的李定国等联络，却又因距离太远，极为不便，无奈之下，不得不听从何斌“收复由荷兰殖民主义者侵占的台湾岛，以解决大军的后勤给养”的建议。
公元1661年（清顺治十八年，永历十五年），郑成功率部打败荷兰殖民主义者，收复沦陷了三十几年的台湾。
不久，顺治帝崩，皇三子康熙帝继位，当权者鳌拜纳郑氏降将黄梧的“平贼五策”，严密封锁沿海，断绝郑成功的经贸财源，同时斩杀了其父郑芝龙，开挖了郑氏祖坟，移驻投诚官兵，分垦荒地。
噩耗接连传来，在台将士又因水土不服人心惶惶，其子郑经又在澎湖与乳母私通，郑成功内外交逼，于1662年（清康熙元年，永历十六年）五月初八急病而亡，死前大喊“我无面目见先帝于地下”，抓破脸面而死，年仅39岁。
郑成功死后，郑经于金门发动军事政变，自称延平王（郡王爵位本非世袭），随后打败了控制台湾的郑成功之弟郑世袭，在台即位，依陈永华之议，移植明朝中央官制，仍奉已死的永历帝为正朔。
1680年（康熙十九年），郑经及陈永华先后死去，权臣冯锡范拥郑经幼子郑克塽继位，后施琅率清军攻克澎湖，郑克塽乃于1683年（康熙二十二年）降清，结束了郑氏在台湾23年的统治。
1684年（康熙二十三年）4月，台湾正式纳入大清帝国版图，隶属福建省，设台湾府，辖台湾县、凤山县与诸罗县。
平定沙定洲后不久，定北王艾能奇在征讨东川的战斗中，中毒箭牺牲，孙可望收编了其所部，势力却仍不足于跟李定国、刘文秀的联军抗衡，只得暂时隐忍不发，跟李定国、刘文秀保持着一团和气。
跟永历朝廷的谈判，却因为孙可望的漫天要价而迟迟没有结果。李定国知道原因，但为了大军的团结，不得不闷在心里。
其时，李定国等已经过了充分的准备，出兵攻湖南，先取沅州（今湖南黔阳）、靖州（今湖南邵阳），继攻广西桂林，大败清军，逼得清军主帅、定南王孔有德自杀。
紧接着，李定国又于衡阳设伏，阵斩了清援军主帅、亲王尼堪，让之所率的十万大军全军覆没。
贵州、川南也相继被大西军所平定，大西军再次建立起以云贵为中心的新基地。
永历朝廷的处境却如江河日下，瞿式耜被杀后，永历帝逃到梧州又逃到南宁，南宁再陷落，逃到濑湍，孙可望派人将永历帝接到贵州安龙所，改名安龙府，答应每年向永历帝送钱送
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