城内的守军和堡垒中的兵将也向明军开火，双方展开了猛烈的炮击。
然而这只是明军的作战方案，并非真心实意要攻他们的坚城和堡垒，已经吃过一次亏的明军不会再吃第二次，这次炮火看似猛烈，实则只是起一个对城中和城堡中的南军的牵制和迷惑作用，等南军的水师和炮台全军覆没之后，当刘国轩被抓了俘虏之后，随着大批的明军水师上岸，大批明军从后面杀向福宁城，岸十几万明军才展开了真正的攻击。
至此明军连水师带岸上的部队20万多万大军，将小小的福宁县城里三层外三层通通包围起来，并发动了猛烈的攻击。
但是，刘国转的防御工事修的实在是坚固，城池和城外面的堡垒互为犄角，固若金汤，20多万明军攻了一天硬是没攻下来，明军只好用重兵围困。
第二天当五花大绑的刘国轩被带到了城下，当刘国轩手下的大将杨成的脑袋被挑到城下的时候，守城的南军和城堡中的南军将士顿时慌了手脚，军心大散。
当夜晚间城中的南军便发生了哗变，守城主将也就是刘国轩的另一个助手，在岸上负责指挥作战的大将李虎被部将所杀。守城的军将打开城门，把明军接入城中，经过半宿激烈的巷战，城中的六七万南军，除了有一万多名战死之外，其余的将近5万名南军，全都成了明军的俘虏。
天亮的时候明军完全占领了福宁。至此前后延续了三天的福宁之战以南军的完败、明军的全胜而告终。
这边的战争结束以后，林毅马不停蹄立即命令施琅带领一万精兵，全部扮作南军的装束，立即北上，昼夜兼程开赴仙霞关。
兵贵神速。将近八百里的路程，林毅要求施琅他们三天之内务必赶到，林毅既然对福宁用兵了就要借机拿下仙霞关这根硬骨头，彻底消除郑芝龙的倚仗，不给他留下任何幻想。
之所以给了施琅一万精兵，因为这是去诈关，兵太多了反而会露出破绽，让那里的南军生疑。而且兵在精而不在多，一万人马足够了。
施琅领命之后，一万人马立即扮作南军的样子。因为刚刚打完仗，南军的服装器械施帜等等这些行头都是现成的，穿上他们的衣服，打上他们的旗号就行了。
林毅运筹帷幄，令人模仿刘国轩的笔迹给仙霞关的守将写了一封印信，说明这一万人马不是他们的陛下郑芝龙派去的，而是兵马大帅刘国轩不放心派去支援他们的，信末尾压盖的是刘国转大帅印鉴。
另外为了做到万无一，从那些愿意离戴罪立功的俘虏
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