燕三娘原名薛素素，本是京城人氏，母亲是有名的绳伎，轻功超绝，江湖人称“云间白鹤”。
争国本一事期间，万历皇帝与郑贵妃曾到大高玄殿祷神盟誓，相约立朱常洵为太子，并且将密誓御书封缄在玉匣内，由郑贵妃保管。万历十七年，云间白鹤受皇太后雇佣，在皇帝与郑贵妃的密誓御书之上做手脚，将朱常洵三字抹掉，以便百官逼宫。
事成之后，云间白鹤被皇太后灭口，而薛素素则浪迹江湖。流落江湖之后，薛素素本来做了道姑，但是看不惯民间疾苦，外加心中一直疑惑母亲的死因，于是便下山当了侠盗，化名燕三娘。在劫富济贫的同时，调查母亲当年的死因。
电视剧的明线是一枝梅与燕三娘二人侦破奇案，帮助百姓，而暗线则是燕三娘调查母亲当年的死因，在这个过程中，两人慢慢牵扯进了万历末年的妖书案。
当然，结局肯定是燕三娘解开心结，二人浪荡江湖，做了一对神仙眷侣。
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