无论资历和名望都在会稽极有地位，当时议论的人都认为他必定能安定当地。
只是谢琰亦轻敌，到郡后既不安抚士民，亦不修整武备。
隆安四年五月，孙恩率部众出浃口，攻余姚，破上虞，抵山阴县北之邢浦，谢琰初遣参军刘宣之击退孙恩，但不久孙恩又再进邢浦，上党太守张虔硕战败，孙恩于是一直向会稽进发。
当时人心惊骇，部将皆认为应该严密防备，在南湖设水军列阵，并分派伏兵突击来袭的叛军，然而谢琰都没有听从。
至五月己卯日，孙恩兵临会稽，谢琰尚未吃饭就要出战，先遣广武将军桓宝为前锋，杀敌甚多。
可是后来谢琰在河塘之间的窄路行军，为孙恩军在船舰中射箭攻击，谢琰军队因而前后断绝，在千秋亭败于孙恩。
那时候谢琰帐下督张猛从后砍谢琰的马，谢琰堕地被杀，二子谢肇和谢峻亦同时遇害，被追赠侍中、司空，谥为忠肃公。