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相对于这些令人生厌的文官，朱由检更喜欢科学院那些安心做学问的教授们，哪怕来自西夷的洋教授也比文官可爱。
回京师的这些时日，朱由检数次巡视科学院，了解科学院现在的情形。有了充足资金支持，现在的科学院一切都走上了正规。数科、工科、农科各科日益完善，共招收了学员近千人。又在兵科的基础上成了了武学院，从陕北带回来的童子营数百人都放入了武学院中。
各科教授，在教学的同时，也没忘了科学研究，工科在西夷教授的帮助下，研制出了一种可以钻制铳管的机床，制作铳管的效率十倍于手工打制。然而这种铳管对材料的要求较高，所用铸铁不能有太多渣滓气泡，否则便会炸膛。目前工科的教授们正在专研炼钢之法，研究如何炼出合格的钢铁。
而农学院也颇有成果，在徐光启的带领下，红薯和玉米进行了又一轮的培育，目前红薯亩产已经达到千斤以上，赏赐给大臣们的红薯便来自科学院农庄，玉米却还不太成熟，亩产三百多斤，却已经好过高粱等作物。朱由检已经决定，明年便开始在陕北大力推广红薯玉米。