报扶摇直上，并且对韩琛女友Ma
y渐生情愫。
倪永孝在一切稳固之后，决定将五大头目一举歼灭，使自己的龙头地位名副其实，于是一夜之间，曾经背叛倪氏家族的四大头目同时被杀，而韩琛也在泰国受袭下落不明，就连Ma
y和陆启昌也没有逃过此劫。
黄痛失好友，决意联合重出江湖的韩琛向倪永孝反击，但没想到韩琛经历大变，早已不是当初的韩琛，比倪永孝更富有心机，难以控制。倪永孝势力被彻底清除，黄志诚督察将韩琛的画像挂在自己对面的墙上。
这是第二部无间道的剧情。
2004年，陈永仁被杀后两年，刘建明被警队内部调查，架空职权，被派无关重要的庶务工作。
与妻子MARY的婚姻破裂，连与一岁女儿见面的机会也没有。身心俱疲的刘建明，每日的生活虽像走向地狱一样，但他相信坚持就会扭转局面。
这时，年轻警司杨锦荣凭着一页页丰功伟绩，以不到四十之龄，正迈向警队最高层；刘建明看在眼里，好像看见以前的自己。
一次机缘，刘建明与杨锦荣结为好友，却发现杨锦荣神秘的一面，他推测杨锦荣可能和自己一样，都是黑帮派入警队的卧底。
决定重新做人的刘建明暗中追查杨锦荣身世之谜，千辛万苦找到一个又一个证据，可是每次最接近真相的时候，总是功亏一篑，还引来警队高层对刘建明的极度不满。
渐渐，刘建明觉得杨锦荣根本毫无可疑，渐渐开始怀疑自己。
2001年，陈永仁跟随韩琛已有两年时间，可是韩琛根本从来不会轻易相信任何人，只派一些鸡毛蒜皮的工作给他。
为了得到信任，陈永仁不惜以身试法，上司黄志诚发觉他已渐失控，千方百计要拉陈永仁出局，两人之间势成水火。陈永仁也渐渐迷失了自己，直至遇上李心儿。
因为一次严重的暴力罪行，陈永仁被判进行心理辅导，在催眠治疗期间，陈永仁梦中泄露了真正身份，李心儿半信半疑间，对陈永仁发生了兴趣。
韩琛又派下一个任务，陈永仁知这是最后一个机会，为了得到韩琛最终的信任，陈永仁决定背叛黄SIR，大开杀戒。
至于异能调查局与独行者之间的剧情，更是有过之而无不及。
异能调查局高层与独行者高层，都有各自的卧底。
异能调查局副局长，与独行者其中两大领袖，都是卧底。
也
…。。