而后世史家一般都认为，伴随着大明持续在朝鲜半岛大规模用兵，相当程度上纵容了后金在东北地区的崛起。这样，为日后满清崛起并且入关取代明朝而埋下了深深的隐患。
不过高务实倒不认为这一点应该由沉一贯负责——换了当时其他有机会做首辅的人在那个位置上，恐怕也不会有什么区别。真要改变，那还得是从大明内部治本，就如他高务实在这一世所做的那样。
沉一贯比较败名声的事，有一件与矿税有关。没有高务实辅左的原历史中，在朱翊钧亲政后，很快开始将宦官派往全国各地去收税圈钱，变换名目去收取苛捐杂税，其中尤以矿税最为严重，搞得各地百姓怨声载道，甚至不时出现民变。
包括沉一贯在内的许多朝臣都曾劝谏过朱翊钧，希望他能够减轻赋税，减轻百姓负担。可惜，没有高务实负责财政的原历史中，朱翊钧一门心思是要钱，对这些说法压根不予采纳，甚至认为他这些矿税根本不是找普通老百姓收的，伤害的并不是寻常百姓的利益，由此导致矿税之祸越来越严重。
到了万历三十年，发生了一件很突然的大事。当时朱翊钧突然得病，而且病势非常严重。一度以为自己和老爹穆宗一样也是短命鬼，所以赶紧着手安排后事。除了叮嘱内阁大臣们继续辅左太子朱常洛以外，他还决心废除矿税，并且将废黜矿税的诏书给了沉一贯。
可是万料不到，仅仅到了第二天，朱翊钧的病情突然好转了，于是他又想收回昨天的旨意。而沉一贯竟然没有任何迟疑，立即就将圣旨交了回去。正是这件事，让沉一贯遭到了很多人的极大不满。
据《明史·沉一贯传》记载：“后义见一贯唾曰：‘相公稍持之，矿税撤矣，何怯也！’自是大臣言官疏请者日相继，皆不复听。矿税之害，逐终神宗世。”
自此以后，但凡再有朝臣上疏有关矿税之事，朱翊钧都一概不准。而终万历一朝，矿税之祸也没能消除，反而积害越来越深。
与沉一贯相关的另一件大事就和党派相关了。万历三十二年，吏部郎中顾宪成因事触怒万历帝，遭到罢官免职的处罚，只得返回家乡闲居。期间，他与高攀龙和钱一本等人，在无锡创办了一所民办院校，进行讲学和授课，引起了越来越多的关注。而这所民办院校，就是后来赫赫有名的东林书院。
随着规模和影响的不断扩大，东林书院逐渐开始涉入了政治，甚至敢于针砭时弊和褒贬朝臣，进而形成了一股非常强大的政治势力，人称东林党。
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