真的第二号首领的政治宝座，且意外地叩开了幸福之门。于是，他青年时期的昂扬斗志和进取精神便逐步退隐，各种因袭势力和传统思想的影响则乘势而入。
舒尔哈齐开始在现有社会秩序的格局中徘徊摸索，这就意味着他与努尔哈赤同路人的关系已宣告结束。在同努尔哈赤以及与自己的进取思想告别以后，舒尔哈齐在传统思想和现实政治外界压力的双重压力下继续后退，成了现实生活的保守者。
为了立于不败之地，舒尔哈齐毫不动摇地称臣明廷。万历三十四年十二月，在努尔哈赤“连续二年不肯进贡”的情况下，舒尔哈齐第三次入京朝贡。而明廷再次确认了他的都督、都指挥的政治身份。
在大明的不断拉拢下，舒尔哈齐的思想也在发生激剧地变化，一种拥明自立的欲望与日俱增，对明廷的忠诚已经达到了“向来中国宣逾，无不听从”的程度。
与此同时，舒尔哈齐还积极发展与乌拉的关系。万历二十四年、二十六年和三十一年，曾先后三次与布占泰联姻，其政治影响已逾越了部落的屏障，实力也大大加强。在建州女真内部，舒尔哈齐也因“得众心”，终于成了与努尔哈赤抗衡的一支主要力量。
由于思想上的分歧，舒尔哈齐与努尔哈赤的政治关系则日益紧张。“在国家大政中”不时发生激烈争吵。
政治上的对立，必然导致军事上的不合作和对立。史载万历二十七年九月，努尔哈赤率兵征哈达。在如此重大战役中，舒尔哈齐先是“按兵不战”，继而又“填拥于前”，致使努尔哈赤陷入被动挨打之境地，“军士多被伤者”，这与其说是消极，倒不如说是对立。
又如万历三十五年三月，努尔哈赤命舒尔哈齐等率兵取乌拉所属蜚悠城，舒尔哈齐偏袒乌拉、消极对抗的态度已十分明显，他先是欲退兵不战，后又滞留不追。
战斗结束后，工于心计的努尔哈赤以“抗命”罪欲诛舒尔哈齐所属二臣，削其力量。舒尔哈齐则立即“摊牌”，以“诛二臣，与我死无异”的强硬态度，迫使努尔哈赤作出让步。至此，其兄弟关系终于走到势同水火的地步。
如今这一世界里，时间还只是万历十六年年初，而且去年因为蝴蝶效应的关系，努尔哈赤先是因为与图们勾结而被大明警告，现在又因入侵董鄂部而遭到讨伐，所以并没有来得及称王，因此他们二人在女真内部依然是“宁古塔大贝勒”、“宁古塔二贝勒”的身份。
然而，这并不妨碍舒尔哈齐思想的转变比原历史上更快。
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