申时行与王锡爵日间的简单会晤没有达成一致看法，或者应该说两人都没法准确断定高务实在本次京察中的实际目的。
京察嘛，搞掉一些对方的人，换上一些自己的人，这是正常操作，大家都是很清楚的。只不过高务实做事对于他们而言有时候显得太过天马行空，很难抓住他的意图来进行相应的准备。
申时行倾向于认为高务实打算在南京官场动大手术，换言之就是把南京的实权拿到手。
虽然说京察主要针对的是四品以下官员，南京六部的堂上官们是直接找皇帝交自陈，最终由皇帝决断谁留谁滚蛋，但实际上四品以下官员掌握实权的并不少。
与绝大多数朝代不同，有明一代是正式实行“双京制”的。众所周知，南京作为中国历史上少有的十几个政权定都的城市，其地理优势不言而喻。
朱元璋起兵之时就对南京的优势非常清楚，他前期的谋臣冯国用就曾建议朱元璋先定金陵，曾向朱元璋建议：“金陵龙蟠虎踞，帝王之都，先拔之以为根本。然后四出征伐，倡仁义，收人心，勿贪子女玉帛，天下不足定也”。
由于当时江浙的经济优势冠绝南方，所以占据南京就等于拥有了江浙的财富根基，因此朱元璋也能够在处于四战之地的情况下游刃有余，扫平了陈友谅、张士诚，进而北伐中原。
但是这并不代表朱元璋对定都南京是完全满意的，其实在朱元璋的心里，南京过于偏安一隅，不能够稳定全国，一直有所谓“以金陵为南京，大梁为北京，朕于春秋往来巡守”的想法。
不过等到洪武十一年，朱元璋经过深思熟虑之后认为，大梁也就是开封由于地理位置是四战之地，并不适合成为都城，但朱元璋从未放弃过寻找新的都城，他的目标有三个：“洛阳、西安、北平”。这三个城市各有优势，不过朱元璋还没来得及做好决定就驾崩了。
朱棣发动靖难之役夺取皇位之后，几乎立刻开始考虑迁都问题，原因也很简单，毕竟北京是自己的“龙兴之地”，所以他非常的想给自己的承继大统加上一个合理的理由，所谓“自昔帝王，或起布衣，平定天下，或外藩入承大统，而于肇迹之地，皆有升崇。”
另一方面，北京地理位置更加利于对抗蒙古、控制北方，所以朱棣决定迁都。到了永乐十八年，北京宫殿营建完毕，朱棣彻底决定迁都北京，而改南京为留都，但是这并不代表明朝从此就把北京当成唯一的都城了。
朱棣死后，明仁宗朱高炽一度想要迁都回到南京，
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