两天后，在确悉无法得到更多援军的情况下，秀忠在小鹿野的神社举行了抗击明国侵略的出征仪式。
24日，幕府联军攻打只有三千余明军驻守的小孤城，因为原来作为重镇修建的坚固城池及城中明军的顽强抵抗，联军攻打数天都未能奏效。
27日，明军在江户海域发起了登陆，战事迅速向秀忠老巢江户烧去。
德川秀忠接到江户急报，无奈放弃攻打小孤城率主力南归江户。秀忠的撤军令得联军迅速分崩，在明军皇协军第一混成旅团长岛津忠恒的劝降下，诸藩陆续抛弃秀忠，转而向新日本国效忠。
至七月，撤回江户的德川秀忠已经是死局，既无援军，又无出路。
明军方向，受国内叛乱影响，前线受到的压力日益增加。第一军司令官曹文耀在和尚鸟元的建议下命令对江户实施火攻计划。
此举，让江户城陷入一片火海之中，保守估计约有三分之二的建筑被烧毁。
26日，响应新日本国和皇军号召的幕府有识之士在城中发起了叛乱，有识之士们打开了城门，明军汹涌杀入，德川秀忠死。
至此，德川幕府宣告灭亡，日本正式迎来“明治时代”。
远在京都的魏良臣公公闻讯后，欣喜题词——“一个崭新的时代到来了！”