经过近两年多的观察和体验，李纯对唐朝的制度有了更加深入的了解，觉得可以首先对朝廷的中央机构进行改革。
在唐朝的官制设置上，虽然官员由高到低设置为一到九品，但是对高级官员控制比较严，一二品的大员不轻易授予，给的也是一些虚职，纯属摆设。
中书侍郎，门下侍郎，加同平章事，履行宰相职能，却只有三品，和各部尚书、各地节度使差不多，没有一点权威，纯粹就是相当于秘书长，对皇帝的好恶依赖太大，不利于独立开展工作。
李纯觉得要干大事，就要依赖一大帮人才，各管一摊，协同配合，自己要把主要精力用在制定战略和重点工作上，没办法事事操心，其他的事务就是要放权给一些有能力的大臣，让他们大胆去干，这样才能多点开花、齐头并进，开创大业。
李纯决定，首先对三省的机构进行改制，把顶层架构搭好，以后再逐步往下改革。
强化中书省决策机构的职能，把中书省作为朝廷核心的议事和办事机构，设两个宰相，分任中书左丞、右丞，定为正二品官，配有三个光禄大夫，定为正三品官，五人以左丞为首，实行集体负责制。
朝廷的重要事务，由中书省商议后，向皇帝提出意见，并由皇帝决策。中书省的两个宰相由三品提升为二品，又增加了三个正三品的参政官员，地位大为提高，成为朝廷施政的中枢。
尚书省的执行机构职能不变，六部仍为执行部门，各部尚书仍为正三品不变，尚书省设左、右仆射，仍为从二品，主要为虚职。
门下省的审议机构职能不变，对中书省制定的意见进行审核，认为其不当的，可以驳回，并向皇帝反映，也可直接向皇帝提出施政的意见、建议。
门下省设门下侍中一人，级别定为从二品，设门下侍郎一名，从三品，设三个青禄大夫，正四品，以门下侍中为首，共同发挥监督审议和参政议政的作用。
对三省的机构改革，重点是加强中书省的权力，皇帝可以通过中书省来进行决策、推行重大事项，中书省也可以按照皇帝的授权，自行处理朝廷的一般事务，让皇帝可以集中精力处理重要的事项。
门下省继续审议、监督、建议的职能，可以对中书省和六部错误的意见和政策进行纠偏，但实际上中书省的决策都是执行皇帝的意见，所以门下省实际作用有限。
尚书省下属的六部作为执行机构，是朝廷重要的办事部门，必须执行皇帝和中书省下达的决策。
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